在合肥申请公积金贷款后，贷款会通过以下方式扣除：
1. 单位代扣
如果贷款人与贷款发放银行签订了代扣协议，那么贷款会从贷款人的公积金账户中直接划扣，单位会协助代扣。
2. 个人自行还款
如果贷款人不符合代扣条件，或者没有与银行签订代扣协议，则需要自行到银行柜台或通过网上银行转账还款。
扣款时间
贷款扣款时间一般是在每月还款日，由贷款发放银行决定。贷款人可以在贷款合同中查看到具体的还款日。
逾期后果
如果贷款人逾期还款，将会产生逾期利息，并会影响个人征信。严重的逾期行为还可能导致银行起诉，要求偿还全部贷款本息。
注意
1. 注意查看贷款合同中的扣款方式，及时向单位提交代扣协议。
2. 确保公积金账户余额充足，避免因余额不足导致扣款失败。
3. 及时还清贷款本息，避免逾期带来的不良后果。
